Compite contra hongos fitopatógenos a partir de la producción de antibióticos del tipo Bacilisina e Iturina que son altamente fungo tóxicos. Estas enzimas generan poros en la membrana de hongos fitopatógenos limitando su desarrollo en infección sobre las plantas. Bacillus subtilis actúa de manera foliar y también en las raíces, donde genera películas protectoras contra hongos y bacterias nocivas.
